Fabiana,
Vocês estão no GRC 1.0 ainda ?
Olha sobre NFC-e/CT-e/MDF-e é meio indiferente o SP caso o cliente não utilize, porém, para o XML 3.10 de NF-e que cai no modelo que vocês utilizam, recomendaria no mínimo o SP17.
O SP16 já atenderia, porém teve alguns bugs e outros, vocês vão precisar aplicar notas no SP17 para funcionar de forma apropriada.
Acho que é isso Fabi.
Abs,
Ricardo Viana.